Centrum Formacji Misyjnej ma jasno określone cele i zadania. Są nimi: troska o formacje duchową i intelektualną kandydata do wyjazdu na misje, czyli zapewnienie mu przygotowania misjologicznego, językowego i duchowego. Kształcimy kandydata na misjonarza, poprzez wykłady z misjologii, lektoraty językowe, konwersatoria, spotkania formacyjne oraz ćwiczenia duchowne. Te ostatnie, jako ukierunkowane na pogłębienie duchowości misyjnej, stanowią istotny element formacji.
Temat formacji misjonarzy, został podjęty w dokumentach Kościoła. Dekret misyjny Soboru Watykańskiego wskazuje, że wszyscy misjonarze powinni być dobrze „przygotowani i ukształceni, by okazali się zdatnymi do wykonywania przyszłych zadań. Naukowe ich przygotowanie już od samego początku powinno się tak ustawić, by uwzględniało zarówno powszechność Kościoła, jak i różnorodność narodów. (…) Dla przyszłego misjonarza szczególnie konieczne są studia misjologiczne, tzn. poznanie nauki i zasad Kościoła dotyczących działalności misyjnej, prześledzenie dróg, jakimi w ciągu wieków szli zwiastunowie Ewangelii, a także poznanie obecnego stanu misji i zarazem metod, które teraz uznaje się za bardziej skuteczne” (DM 26).
Wrażliwość Kościoła polskiego, znalazła swój wyraz w powołaniu i działalności Centrum Formacji Misyjnej w Warszawie. W myśl powyższych dokumentów, przyszli misjonarze otrzymują tu niezbędne przygotowanie językowe, misjologiczne oraz formację duchową.