Sercem naszego domu formacyjnego jest kaplica. Jej patronami są święci Cyryl i Metody, dwaj misjonarze. Od 1985 r. dzięki pozwoleniu kard. Józefa Glempa, przechowywany jest w niej Najświętszy Sakrament. Tutaj odbywają się codzienna liturgia Mszy św., (także w językach obcych), adoracja eucharystyczna i nabożeństwa. Mieszkańcy domu i pracownicy agend misyjnych gromadzą się w kaplicy na modlitwę podczas comiesięcznych dni skupienia, a w czasie Wielkiego Postu na Drodze krzyżowej i Gorzkich Żalach. W kaplicy odbywają się również nabożeństwa okresowe, np. nabożeństwo majowe, czerwcowe, różaniec.

Kaplica odgrywa ważną rolę w przygotowaniach do posłania misyjnego. Poprzez modlitwę i sakramenty święte misjonarze rozeznają swe powołanie, umacniają w gotowości służenia Bogu i bliźnim oraz duchowo przygotowują się do swej misji.

Kaplica codziennie rozbrzmiewa modlitwą wdzięczności, za darczyńców misji i osoby angażujące się w pomoc misjonarzom.